Alle Zutaten bereitstellen.
Zucchini waschen, trocken tupfen, Enden abschneiden, der Länge nach halbieren. Mit kleinem Löffel Fruchtfleisch vorsichtig herauslösen, dabei 1 cm Rand stehen lassen. Herausgelöstes Fruchtfleisch grob hacken (für die Füllung aufheben).
Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze vorheizen. Auflaufform leicht mit Olivenöl einfetten.
Zwiebel schälen und fein würfeln. Knoblauch fein hacken. Paprika waschen, entkernen, in kleine Würfel schneiden.
Olivenöl in großer Pfanne erhitzen. Zwiebel 2–3 Minuten glasig braten. Knoblauch und Paprika 2 Minuten mitbraten. Hackfleisch hinzufügen, unter Rühren kräftig anbraten, bis durchgegart und leicht gebräunt.
Tomatenmark unterrühren, kurz mitbraten. Passierte Tomaten hinzufügen. Mit Paprikapulver, Oregano, Basilikum, Salz und Pfeffer würzen. Gehacktes Zucchinifleisch dazugeben. Füllung 8–10 Minuten bei mittlerer Hitze köcheln lassen, bis würzig und relativ dick (bei Bedarf ohne Deckel einkochen).
Zucchinihälften in die Auflaufform legen, mit Salz und Pfeffer würzen. Hackfleischfüllung gleichmäßig darauf verteilen (nicht zu fest drücken).
Mozzarella und Parmesan mischen, großzügig über den Zucchini verteilen.
Im vorgeheizten Ofen ca. 25–30 Minuten backen, bis Zucchini weich und Käse goldbraun geschmolzen ist. Für kräftigere Kruste in den letzten 2–3 Minuten Grillfunktion nutzen (aufpassen, nicht zu dunkel).